Tėvas Konstantinas Čiurlionis (1846–1914) buvo vargonininkas ir chorvedys. Vaikystę praleido Druskininkuose, kur tėvo prižiūrimas išmoko skambinti fortepijonu. Gydytojo J. Markevičiaus rūpesčiu mokėsi M. Oginskio Plungės dvaro orkestro mokykloje, kur pramoko muzikos teorijos ir bandė kurti, fleita grojo dvaro orkestre. 1905 m. vadovavo Varšuvos lietuvių savišalpos draugijos chorui, o lankydamasis tėviškėje rinko ir harmonizavo lietuvių liaudies dainas. 1907 m. Vilniuje suorganizavo pirmąją lietuvių dailės parodą, kurioje eksponavo savo kūrinius. 1908 m. vadovavo „Vilniaus kanklių“ draugijos chorui, sudarė atskirą vyrų choro grupę, kuri dainavo jo paties harmonizuotas liaudies dainas. Koncertavo kaip pianistas ir dirigentas, rašė dailės ir muzikos klausimais. 1908 m. Vilniuje surengė antrąją lietuvių dailės parodą, prie Lietuvių dailės draugijos įkūrė Muzikos fondą kompozitorių kūrybai remti, buvo valdybos narys. 1909 m. Lietuvių mokslo draugijos visuotiniame susirinkime išrinktas Dainų ir gaidų rinkimo komisijos nariu. Būdamas 35 metų, toje pačioje sanatorijoje mirė nuo plaučių uždegimo.